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Ca nc er/Rad i othérapie 15 Hors- série 1 1–6 Les points forts du congrès de la SFRO 2010 SFRO 2010: congress highlights Y. Pointreaua, C. Hennequinb a Service b Service CORad, Pôle Henry S Kaplan, CHU Bretonneau, 2 Bd Tonnellé, 37044 Tours, France de cancérologie et radiothérapie, Hôpital Saint-Louis-Groupement hospit...
[ "Y. Pointreau", "C. Hennequin", "D. Palma", "E. Vollans", "K. James", "S. Nakano", "V. Moiseenko", "R. Shaffer", "M.L. Ling", "J. Humm", "S. Larson", "H. Amols", "Z. Fuks", "S. Leibel", "R.L. Bakst", "N. Lee", "D. Pfister", "M. Zelefsky", "M. Hunt", "D. Kraus", "I. Madani", ...
https://doi.org/10.1016/S1278-3218(11)70001-4
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Le virus AAV sauvage et sa capacité d’intégration site-spécifique
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Le virus AAV sauvage est composé d’une capside non enveloppée de 20 nm de diamètre contenant une molécule d’ADN simple brin de 4,7 kb . Le génome viral contient trois cadres de lecture ouverts qui codent quatre protéines régulatrices Rep, trois protéines structurales VP (ou Cap) et une protéine accessoire AAP ( assembl...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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Le virus AAV sauvage et sa capacité d’intégration site-spécifique
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Figure 1. Génomes de l’AAV sauvage et recombinant. Le génome de l’AAV de sérotype 2, représenté ici, contient trois promoteurs (p5, p19 et p40) et un signal de polyadénylation (polyA). Il est encadré par deux répétitions terminales, les ITR (pour inverted terminal repeats ) qui sont des régions essentielles pour la rép...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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Le virus AAV sauvage et sa capacité d’intégration site-spécifique
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Figure 2. Modèle théorique d’intégration du génome de l’AAV sauvage dans le locus AAVS1. L’ITR ( inverted terminal repeats ) de l’AAV et le locus AAVS1 du génome cellulaire partagent un site de fixation pour les protéines Rep (ou RBS [ Rep binding site ]) et un site de clivage par ces mêmes protéines (ou trs, terminal ...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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Le virus AAV sauvage et sa capacité d’intégration site-spécifique
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biomedical
Study
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Bien que considérée comme l’une des propriétés les plus originales de l’AAV, la capacité du virus à s’intégrer de façon spécifique et quasi exclusive dans le site AAVS1 a été ensuite remise en cause par les travaux réalisés dans des cellules en culture ou in vivo . Il apparaît, premièrement, que la capacité de l’AAV à ...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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Le virus AAV sauvage et sa capacité d’intégration site-spécifique
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Figure 3. Distribution du nombre d’événements d’intégration de l’AAV sauvage et recombinant par chromosome. Le nombre d’intégrations du génome AAV sauvage ( A ) ou recombinant ( B ) a été mesuré après infection de fibroblastes primaires humains. Il est exprimé en nombre d’événements d’intégration détectés toutes les 10...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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Le virus AAV sauvage et sa capacité d’intégration site-spécifique
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biomedical
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Tableau I. Résumé du mode de persistance des génomes AAV sauvage et recombinant. Génome Forme épisomale Forme intégrée Propriétés Observée in vitro dans des cellules en division AAV sauvage Majoritaire in vivo et in vitro dans des cellules au repos Détectée in vivo dans des tissus sains mais pas de façon majoritaire L’...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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Le virus AAV sauvage et sa capacité d’intégration site-spécifique
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biomedical
Study
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Comme souligné dans l’introduction, malgré sa forte prévalence chez l’homme et l’animal, dans un grand nombre de tissus, l’AAV sauvage a été considéré jusqu’à présent comme un virus non pathogène, voire même comme un virus potentiellement bénéfique pour l’organisme qu’il infecte. En effet, les données moléculaires indi...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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Le virus AAV sauvage et sa capacité d’intégration site-spécifique
4.023438
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biomedical
Study
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Dans l’ensemble, cette étude soulève la question du rôle oncogène potentiel de l’AAV sauvage après son intégration et, en particulier, à la suite d’une transactivation des gènes cellulaires médiée par la région ITR du virus. Cependant, le faible nombre d’événements d’intégration retrouvés ainsi que la longueur et l’ori...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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Les vecteurs AAVr : persistance épisomale ou intégration ?
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biomedical
Study
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La caractérisation initiale, dans les années 1980, de l’AAV comme un virus capable de s’intégrer de façon site-spécifique a constitué un point d’attraction majeur pour son utilisation comme vecteur recombinant. En effet, déjà à cette époque la possibilité de cibler le vecteur dans un locus cellulaire précis apparaissai...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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Les vecteurs AAVr : persistance épisomale ou intégration ?
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[ 0.007659912109375, 0.99072265625, 0.0011529922485351562, 0.0005521774291992188 ]
(→) Voir la Synthèse de J.P. Tremblay, m/s n° 11, novembre 2015, page 1014
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
https://doi.org/10.1051/medsci/20163202010
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sec[1]/p[2]
Les vecteurs AAVr : persistance épisomale ou intégration ?
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biomedical
Study
[ 0.99853515625, 0.00038552284240722656, 0.0009732246398925781 ]
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Cependant, l’analyse du mécanisme d’intégration du virus AAV sauvage a très rapidement permis d’en déduire que les vecteurs AAVr ne pouvaient plus s’intégrer de façon efficace dans le site AAVS1 ou dans les autres sites chromosomiques ciblés par l’AAV sauvage, et ceci pour une raison simple : les vecteurs AAVr n’exprim...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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sec[1]/p[3]
Les vecteurs AAVr : persistance épisomale ou intégration ?
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biomedical
Study
[ 0.99853515625, 0.0004429817199707031, 0.0010232925415039062 ]
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Les analyses conduites pour déterminer la forme sous laquelle persistent les vecteurs AAVr ont montré que, dans des tissus comme le muscle ou le foie, leurs génomes persistaient majoritairement sous des formes extra-chromosomiques circulaires double brin parfois constituées de plusieurs molécules de vecteurs reliées en...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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Les vecteurs AAVr : persistance épisomale ou intégration ?
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biomedical
Other
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Ainsi, comme pour le virus sauvage, une fraction minoritaire mais non négligeable des génomes AAVr peut s’intégrer dans le génome cellulaire et potentiellement perturber l’expression des gènes adjacents.
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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sec[2]/p[0]
Utilisation des vecteurs AAVr in vivo et mutagenèse insertionnelle
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biomedical
Study
[ 0.998046875, 0.0003535747528076172, 0.0016031265258789062 ]
[ 0.95458984375, 0.04254150390625, 0.00272369384765625, 0.00026798248291015625 ]
La majorité des études qui ont exploré un rôle oncogène éventuel des vecteurs AAVr a été réalisée sur le foie, organe cible de nombreuses stratégies et protocoles de thérapie génique, un grand nombre de maladies métaboliques du foie pouvant être potentiellement traitées par ce type de thérapie. Par ailleurs, le foie pe...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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sec[2]/p[1]
Utilisation des vecteurs AAVr in vivo et mutagenèse insertionnelle
4.5625
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biomedical
Study
[ 0.99853515625, 0.000423431396484375, 0.0010213851928710938 ]
[ 0.9970703125, 0.0014886856079101562, 0.0014438629150390625, 0.0001283884048461914 ]
Plusieurs essais réalisés chez la souris ont permis de suivre l’émergence de tumeurs hépatiques plusieurs mois après injection des vecteurs AAVr. L’utilisation du modèle murin offre l’avantage de pouvoir réaliser ces observations sur un grand nombre d’animaux, en faisant varier la souche de souris, la séquence du vecte...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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sec[2]/p[2]
Utilisation des vecteurs AAVr in vivo et mutagenèse insertionnelle
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biomedical
Study
[ 0.99853515625, 0.0002968311309814453, 0.0012445449829101562 ]
[ 0.99755859375, 0.00077056884765625, 0.001644134521484375, 0.00006240606307983398 ]
Une deuxième étude récente vient de remettre un peu d’ordre dans ce tableau en explorant de façon plus extensive l’apparition de tumeurs hépatiques chez la souris et en déterminant quelques paramètres critiques . Dans cette étude, Chandler et al. ont suivi plusieurs cohortes de souris toutes injectées au stade nouveau-...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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sec[2]/p[3]
Utilisation des vecteurs AAVr in vivo et mutagenèse insertionnelle
4.632813
-0.536984
biomedical
Study
[ 0.998046875, 0.0005035400390625, 0.0015811920166015625 ]
[ 0.9951171875, 0.0029239654541015625, 0.00157928466796875, 0.00015044212341308594 ]
Mais comment un événement d’intégration dans cette région peut-il entraîner la progression vers un état tumoral ? C’est là que l’histoire rejoint très probablement celle des vecteurs rétroviraux et lentiviraux pour lesquels des événements de mutagenèse insertionnelle ont été reliés à une activation transcriptionnelle d...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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000F499216C9A3BFF5EC00E925D7F61099DD00B6
sec[3]/p[0]
Conclusion et pistes de recherche
4.402344
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biomedical
Study
[ 0.99755859375, 0.00031256675720214844, 0.0019378662109375 ]
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De toute évidence, les résultats présentés dans l’article de Chandler et al. apportent un peu de clarté dans un domaine de recherche encore mal exploré. Ils confirment, tout d’abord, la possibilité d’intégration des vecteurs AAVr dans le foie murin et montrent que le niveau d’expression des gènes cellulaires constitue ...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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sec[3]/p[1]
Conclusion et pistes de recherche
4.390625
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biomedical
Study
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Très clairement, compte tenu du scénario décrit ci-dessus, on comprend aisément que l’intégration des vecteurs AAVr dépende des doses injectées. De ce point de vue, il apparaît essentiel de réduire les doses de vecteurs tout en conservant une efficacité thérapeutique satisfaisante. La génération de nouvelles capsides d...
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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sec[4]/p[0]
Liens d’intérêt
1.072266
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other
Other
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Les auteurs déclarent n’avoir aucun lien d’intérêt concernant les données publiées dans cet article.
[ "Axel Rossi", "Anna Salvetti", "TR Flotte", "KI Berns", "F Mingozzi", "KA High", "GL Rogers", "AT Martino", "GV Aslanidi", "RJ Chandler", "MC LaFave", "GK Varshney", "JC Nault", "S Datta", "S Imbeaud", "RM Kotin", "M Siniscalco", "RJ Samulski", "RM Kotin", "RM Linden", "KI Be...
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questions
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00192BAFA487E1C09A6C3E2D182F55D72E61BB8A
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Introduction
3.197266
0.504839
biomedical
Other
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[ 0.10028076171875, 0.89453125, 0.0005445480346679688, 0.004665374755859375 ]
La dermohypodermite bactérienne nécrosante avec fasciite nécrosante (DHBN-FN) est une infection nécrosante de l’hypoderme, de l’aponévrose musculaire et secondairement du derme. Dans les formes aiguës et suraiguës, l’infection se propage de façon parfois foudroyante le long des aponévroses pouvant conduire au décès dan...
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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N/A
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medical_knowledge
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Introduction
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biomedical
Other
[ 0.6513671875, 0.314453125, 0.033935546875 ]
[ 0.02264404296875, 0.87548828125, 0.0014972686767578125, 0.10040283203125 ]
Nous rapportons le cas d’une DHBN-FN, sans infection du site opératoire, compliquant l’installation d’un patient pour une laryngectomie partielle.
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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N/A
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2.251324
patient_case
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questions
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Cas clinique
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biomedical
Clinical case
[ 0.52685546875, 0.46240234375, 0.01061248779296875 ]
[ 0.022216796875, 0.304443359375, 0.0018529891967773438, 0.67138671875 ]
Il s’agit d’un homme de 65 ans, aux antécédents de maladie de Vaquez (sous Hydréa au long cours) et de tabagisme, pris en charge pour une tumeur maligne (carcinome épidermoïde) de la corde vocale gauche remontant sur la bande ventriculaire gauche (T2 N0 M0). Le traitement carcinologique a consisté en un évidement gangl...
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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N/A
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patient_case
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none
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Cas clinique
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clinical
Other
[ 0.465576171875, 0.5146484375, 0.0199432373046875 ]
[ 0.035491943359375, 0.90478515625, 0.001399993896484375, 0.058563232421875 ]
À la fin de l’intervention, lors de l’ablation des champs opératoires, il a été constaté que la canule de Montandon (et les raccords du respirateur), mise en place lors de la trachéotomie (une heure et trente minutes avant la fin de l’intervention), avait migré et était placée en appui entre la face interne du bras gau...
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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N/A
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patient_case
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questions
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Cas clinique
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clinical
Clinical case
[ 0.46044921875, 0.53564453125, 0.00366973876953125 ]
[ 0.0858154296875, 0.45068359375, 0.005580902099609375, 0.457763671875 ]
Au deuxième jour postopératoire, il existait un placard inflammatoire peu douloureux de la face antérolatérale de l’hémithorax gauche et de la face interne du bras gauche sans extension notable des lésions ecchymotiques initiales, une fièvre à 38,8°C associé à un syndrome inflammatoire biologique . L’état général et hé...
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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patient_case
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Cas clinique
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clinical
Clinical case
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[ 0.0175323486328125, 0.03485107421875, 0.00457763671875, 0.94287109375 ]
Dix-huit heures plus tard, il existait localement une extension manifeste du placard inflammatoire (vers le cou et la hanche gauche) devenu très douloureux et des tâches cyaniques avec bulles hémorragiques . Il était noté une altération de l’état général avec asthénie et sueurs, une dégradation de l’état hémodynamique ...
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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patient_case
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Cas clinique
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biomedical
Other
[ 0.73291015625, 0.260009765625, 0.00714874267578125 ]
[ 0.0762939453125, 0.72265625, 0.0017881393432617188, 0.1993408203125 ]
Les prélèvements bactériologiques peropératoires et des sécrétions trachéales étaient positifs à Escherichia coli avec le même antibiogramme. Les hémocultures étaient négatives. L’antibiothérapie a alors été modifiée pour la mise en place de ceftriaxone pour une durée totale de 15 jours.
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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patient_case
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questions
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Cas clinique
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Other
[ 0.85302734375, 0.048980712890625, 0.0977783203125 ]
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La cicatrisation laryngée et cervicale s’est effectuée de manière normale.
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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Cas clinique
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biomedical
Other
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La cicatrisation de la perte de substance cutanée thoracique, brachiale et de la hanche gauche était assistée par un système VAC™ pour une durée totale de quatre semaines . Le site receveur était de bonne qualité à la deuxième semaine, cependant la greffe de peau a été retardée en raison d’infections multiples systémiq...
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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patient_case
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Cas clinique
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Une greffe de peau demi-épaisse, prélevée au dermatome électrique à la face interne des deux cuisses, a été amplifiée puis fixée au site receveur par le système d’aspiration à pression négative pour une durée de cinq jours. La prise de greffe était de 100 % aux cinquième et dixième jours après sa mise en place.
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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Cas clinique
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La durée d’hospitalisation du patient a été de deux mois au total.
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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0.060756
-0.004645
5.213736
patient_case
0.741327
questions
0.994633
0
0.999544
1
0.99972
1
0.746286
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00192BAFA487E1C09A6C3E2D182F55D72E61BB8A
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Cas clinique
2.119141
0.249684
biomedical
Other
[ 0.82080078125, 0.0841064453125, 0.09521484375 ]
[ 0.07244873046875, 0.91162109375, 0.0017843246459960938, 0.01393890380859375 ]
À cinq mois postopératoire, les amplitudes articulaires de l’épaule gauche sont limitées par une bride axillaire et une raideur articulaire . La rééducation est actuellement en cours. Les amplitudes articulaires du coude sont normales.
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
https://doi.org/10.1016/j.anplas.2007.07.009
N/A
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0.999997
2.067771
4.062168
2.149856
3.17341
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4.536526
patient_case
0.843228
questions
0.983002
0
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1
0.9998
1
0.998037
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00192BAFA487E1C09A6C3E2D182F55D72E61BB8A
sec[0]/sec[2]/p[0]
Discussion
1.768555
-1.019977
clinical
Clinical case
[ 0.2288818359375, 0.74462890625, 0.02655029296875 ]
[ 0.00878143310546875, 0.34619140625, 0.002140045166015625, 0.64306640625 ]
Ce patient a présenté une DHBN-FN postopératoire, sans infection du site opératoire, monobactérienne à E. coli dont l’évolution a été favorable grâce à une prise en charge médicochirurgicale adaptée.
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
https://doi.org/10.1016/j.anplas.2007.07.009
N/A
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1.93667
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-1.68641
3.919359
0.110392
1.066027
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4.0196
patient_case
0.984234
questions
0.995765
0
0.999908
1
0.999963
1
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00192BAFA487E1C09A6C3E2D182F55D72E61BB8A
sec[0]/sec[2]/p[1]
Discussion
1.980469
-1.589033
biomedical
Other
[ 0.9794921875, 0.0048370361328125, 0.01580810546875 ]
[ 0.0308685302734375, 0.9658203125, 0.0009984970092773438, 0.002197265625 ]
Les facteurs de risques étaient un âge de plus de 50 ans, une obésité modérée, une immunodépression liée au traitement de sa polyglobulie essentielle par hydroxyurée et un contexte postopératoire.
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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N/A
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medical_knowledge
0.836473
instructions
0.395093
0
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1
0.999949
1
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00192BAFA487E1C09A6C3E2D182F55D72E61BB8A
sec[0]/sec[2]/p[2]
Discussion
4.191406
-0.64481
biomedical
Study
[ 0.99609375, 0.0030670166015625, 0.0007767677307128906 ]
[ 0.9521484375, 0.044219970703125, 0.0019006729125976562, 0.0015268325805664062 ]
Malgré de nombreux prélèvements ensemencés sur des milieux aéroanaérobies et transportés en urgence au laboratoire de bactériologie, le seul germe identifié a été un bacille Gram négatif ( E. coli ). Des DHBN-FN monobactérienne à ce germe ont déjà été décrites dans la littérature, cependant ce type d’infection est le p...
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
https://doi.org/10.1016/j.anplas.2007.07.009
N/A
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fr
0.999996
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2.939221
4.008633
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1.018349
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-4.328607
2.771886
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0.98141
-0.00169
2.954024
medical_knowledge
0.956791
questions
0.998687
0
0.999302
1
0.999967
1
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00192BAFA487E1C09A6C3E2D182F55D72E61BB8A_p15
00192BAFA487E1C09A6C3E2D182F55D72E61BB8A
sec[0]/sec[2]/p[3]
Discussion
4.152344
-3.736799
biomedical
Study
[ 0.9892578125, 0.00943756103515625, 0.001262664794921875 ]
[ 0.7109375, 0.278564453125, 0.002529144287109375, 0.00785064697265625 ]
L’hypothèse probable de cette DHBN-FN est la contamination cutanée de la paroi thoracique par les sécrétions trachéales colonisées à E. coli , dont la pénétration a été favorisée par le traumatisme cutané lié à la canule de Montandon (et au raccord du respirateur). Les autres portes d’entrées que sont le site opératoir...
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
https://doi.org/10.1016/j.anplas.2007.07.009
N/A
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2.786536
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-2.37288
0.068655
0.993834
0.05111
2.281709
medical_knowledge
0.699161
questions
0.950021
0
0.555613
1
0.995823
1
0.997939
00192BAFA487E1C09A6C3E2D182F55D72E61BB8A_p16
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sec[0]/sec[2]/p[4]
Discussion
4.355469
-0.271978
biomedical
Other
[ 0.9638671875, 0.03338623046875, 0.0027923583984375 ]
[ 0.453369140625, 0.4599609375, 0.056976318359375, 0.0296630859375 ]
Aurait-on pu poser le diagnostic de DHBN-FN plus précocement, lors de l’apparition du placard inflammatoire sans retentissement sur l’état général au deuxième jour ? Le diagnostic est clinique dans les formes typiques. Ce sont les signes locaux qui doivent alerter : douleur croissante, œdème induré diffus aux limites p...
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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N/A
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fr
0.999995
3.091161
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3.55764
medical_knowledge
0.943377
questions
0.879281
0
0.995807
1
0.999896
1
0.999111
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00192BAFA487E1C09A6C3E2D182F55D72E61BB8A
sec[0]/sec[2]/p[5]
Discussion
4.28125
-0.204556
biomedical
Study
[ 0.974609375, 0.0238494873046875, 0.0013294219970703125 ]
[ 0.7275390625, 0.22314453125, 0.036865234375, 0.01238250732421875 ]
Le traitement des DHBN-FN relève d’une prise en charge multidisciplinaire. Le traitement spécifique est la chirurgie, seul moyen de traiter l’infection. Les antibiotiques limitent surtout la diffusion hématogène de la maladie, ceux-ci ne pouvant pas pénétrer les parties molles infectées et hypovascularisées par les phé...
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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N/A
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0.999998
2.989249
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-0.002467
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-2.298016
6.192218
1.043569
0.938695
0.001672
4.624835
clinical_guidance
0.817309
questions
0.951304
0
0.998452
1
0.99996
1
0.999857
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00192BAFA487E1C09A6C3E2D182F55D72E61BB8A
sec[0]/sec[2]/p[6]
Discussion
3.201172
-1.580277
biomedical
Other
[ 0.8486328125, 0.14697265625, 0.004596710205078125 ]
[ 0.1405029296875, 0.81103515625, 0.001384735107421875, 0.0469970703125 ]
La mortalité moyenne des DHBN-FN est de 30 % . Les facteurs de mauvais pronostic chez ce patient étaient un âge supérieur à 60 ans, une leuconeutropénie et une insuffisance rénale oligoanurique . Une infection du site opératoire qui se serait traduite au maximum par une désunion anastomotique laryngée et une médiastini...
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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N/A
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0.999997
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3.837169
medical_knowledge
0.819418
instructions
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0
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1
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1
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sec[0]/sec[3]/p[0]
Conclusion
2.382813
-0.381749
biomedical
Other
[ 0.80615234375, 0.16748046875, 0.0261688232421875 ]
[ 0.01568603515625, 0.96630859375, 0.0008459091186523438, 0.01715087890625 ]
Cette complication gravissime d’une chirurgie réglée et courante, certes chez un patient immunodéprimé, souligne l’importance de l’installation au bloc opératoire des règles élémentaires de protection des points d’appui et de la bonne immobilisation des canules et de leur raccord.
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
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N/A
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fr
0.999998
2.023835
3.920372
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-0.082447
4.444877
clinical_guidance
0.772034
questions
0.996109
0
0.995287
1
0.999977
1
0.998879
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sec[0]/sec[3]/p[1]
Conclusion
2.013672
-0.392771
biomedical
Other
[ 0.8740234375, 0.11181640625, 0.01428985595703125 ]
[ 0.01093292236328125, 0.96240234375, 0.0008420944213867188, 0.026031494140625 ]
Le diagnostic clinique des DHBN-FN vues précocement est parfois difficile. Au moins un signe local et/ou général en faveur d’une forme d’infection nécrosante doit conduire à la chirurgie.
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
https://doi.org/10.1016/j.anplas.2007.07.009
N/A
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4.171913
clinical_guidance
0.598708
questions
0.976758
0
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1
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1
0.999194
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sec[0]/sec[3]/p[2]
Conclusion
2.058594
-0.034343
biomedical
Other
[ 0.904296875, 0.0755615234375, 0.020172119140625 ]
[ 0.007266998291015625, 0.982421875, 0.000396728515625, 0.01001739501953125 ]
La prise en charge des DHBN-FN, au pronostic sombre, relève d’une prise en charge multidisciplinaire dont le traitement spécifique est l’excision chirurgicale précoce et complète des tissus infectés.
[ "V. Médard de Chardon", "N. Guevara", "L. Lattes", "S. Converset-Viethel", "Y. Riah", "E. Lebreton", "J. Santini", "T. Balaguer", "C. Lebre", "J.H. Miller", "D.L. Stevens", "I. Stamenkovic", "P.D. Lew", "P. Saiag", "C.R. McHenry", "R.L. Moss", "P. Courivaud", "D.C. Elliott" ]
https://doi.org/10.1016/j.anplas.2007.07.009
N/A
https://loaded-corpus.data.istex.fr/ark:/67375/XBH-HKKZVM7B-M
fr
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End of preview. Expand in Data Studio

YAML Metadata Warning:The task_categories "text-regression" is not in the official list: text-classification, token-classification, table-question-answering, question-answering, zero-shot-classification, translation, summarization, feature-extraction, text-generation, fill-mask, sentence-similarity, text-to-speech, text-to-audio, automatic-speech-recognition, audio-to-audio, audio-classification, audio-text-to-text, voice-activity-detection, depth-estimation, image-classification, object-detection, image-segmentation, text-to-image, image-to-text, image-to-image, image-to-video, unconditional-image-generation, video-classification, reinforcement-learning, robotics, tabular-classification, tabular-regression, tabular-to-text, table-to-text, multiple-choice, text-ranking, text-retrieval, time-series-forecasting, text-to-video, image-text-to-text, image-text-to-image, image-text-to-video, visual-question-answering, document-question-answering, zero-shot-image-classification, graph-ml, mask-generation, zero-shot-object-detection, text-to-3d, image-to-3d, image-feature-extraction, video-text-to-text, keypoint-detection, visual-document-retrieval, any-to-any, video-to-video, other

Biomed-FR-v3 Complete Multi-Task Annotated Dataset

This dataset contains French biomedical text annotated with 20 different classification and regression tasks using the rntc/biomed-fr-v2-classifier model.

Dataset Summary

  • Total samples: 2,942,667
  • Total columns: 41
  • Annotation tasks: 25
  • Language: French
  • Domain: Biomedical/Clinical
  • Filter criteria: Complete dataset with all 20 annotation tasks

Key Features

  • Complete annotation coverage: All 20 tasks from biomed-fr-v2-classifier
  • Includes rewriting_needed: Critical regression task for content quality
  • Quality metrics: Educational scores, terminology precision, content richness
  • Clinical focus: Medical subfield classification, clinical case detection
  • Proper column order: Original educational_score preserved (1-5 scale)

Annotation Tasks

Regression Tasks (15)

  • rewriting_needed: Content rewriting necessity score
  • contains_bias: Bias detection score
  • writing_quality: Text quality assessment
  • terminology_precision: Medical terminology accuracy
  • content_richness: Information density score
  • Plus others: age_group, assertion_type, certainty_level, etc.

Classification Tasks (5)

  • medical_subfield: 45 medical specialties
  • content_type: 9 content categories
  • writing_style: 5 writing styles
  • text_type: meaningful vs incomplete
  • interactive_elements: 4 interaction types

Usage

from datasets import load_dataset

# Load the dataset
dataset = load_dataset("rntc/bb-tt-3")

# Access key annotations
texts = dataset["train"]["text"]
rewriting_scores = dataset["train"]["rewriting_needed"]
educational_scores = dataset["train"]["educational_score"]  # Original 1-5 scale
medical_fields = dataset["train"]["medical_subfield"]

Data Quality

  • All samples processed with consistent batch processing
  • Original educational_score preserved (0.58-5.10 scale)
  • Regression outputs clearly separated (e.g., educational_score_predicted)
  • Dimension mismatches handled for classification tasks
  • Complete 20-task coverage including previously missing regression tasks

Model Information

Annotations generated using:

  • Model: rntc/biomed-fr-v2-classifier
  • Base model: almanach/camembertv2-base
  • Tasks: 20 multi-task classification and regression heads
  • Key fix: Restored original educational_score column

Citation

@dataset{biomed_fr_v3_annotated,
  title={Biomed-FR-v3 Complete Multi-Task Annotated Dataset},
  author={RNTC Research Team},
  year={2024},
  url={https://huggingface.co/datasets/rntc/bb-tt-3},
  note={French biomedical corpus with complete 20-task annotations}
}

License

MIT License - see LICENSE file for details.

Related Datasets

  • Pretraining subset: rntc/bb-tt-3-pretrain
  • High quality subset: rntc/bb-tt-3-s3, rntc/bb-tt-3-s4
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