Xác định chính xác phần nào của một chuỗi DNA bao gồm một gen rất khó khăn. Các khu vực của một gen như enhancers không nhất thiết phải gần với chuỗi mã hóa trên các phân tử tuyến tính vì DNA can thiệp có thể được đưa ra để mang lại gen và khu vực quản lý của nó thành gần. Tương tự, một bộ gen của gen có thể lớn hơn nhiều so với exons. Các khu vực quản lý thậm chí có thể có trên hoàn toàn các nhiễm sắc thể khác nhau và hoạt động trong chuyển giới để cho phép các khu vực quản lý trên một nhiễm sắc thể để liên hệ với các gen mục tiêu trên
Tại sao một số khu vực quy định của một gen không phải gần với trình tự mã hóa?
bởi vì DNA can thiệp có thể được đưa ra để mang lại gen và các khu vực quản lý của nó thành gần