Năm 1939, Cục bắt đầu biên soạn một danh sách giam giữ với tên của những người sẽ bị bắt giữ trong sự kiện chiến tranh với các quốc gia trục. Đa số những tên trong danh sách thuộc về các nhà lãnh đạo cộng đồng Issei, khi cuộc điều tra FBI được xây dựng trên một chỉ số tình báo hải quân hiện có đã tập trung vào người Mỹ Nhật Bản ở Hawaii và bờ biển phía Tây, nhưng nhiều người Đức và người Ý cũng tìm thấy đường đi của họ danh sách bí mật. Robert Shivers, đứng đầu văn phòng Honolulu, nhận được sự cho phép từ Hoover để bắt đầu bắt giữ những người trong danh sách vào ngày 7 tháng 7 năm 1941, trong khi bom vẫn đang rơi trên Trân Châu Cảng. Những vụ bắt giữ hàng loạt và tìm kiếm nhà (trong hầu hết các trường hợp tiến hành mà không có lệnh) bắt đầu vài giờ sau cuộc tấn công, và trong vài tuần tiếp theo hơn 5,500 người đàn ông Issei bị đưa vào FBI. Vào ngày 19 tháng 19 năm 1942, Tổng thống Franklin Roosevelt đã phát hành Đơn hàng Điều hành 9066, cho phép sự xóa bỏ người Mỹ Nhật Bản từ Bờ biển phía Tây. Giám đốc FBI Hoover phản đối việc xóa bỏ hàng loạt và giam giữ của người Mỹ Nhật Bản được ủy quyền dưới lệnh điều hành 9066, nhưng Roosevelt đã chiến thẳng. Đa số rộng lớn đã đi cùng với các đơn hàng loại trừ sau, nhưng trong một số trường hợp mà người Mỹ Nhật Bản từ chối tuân theo các quy định quân sự mới, các đặc vụ FBI đã xử lý vụ bắt giữ của họ. Cục tiếp tục giám sát người Mỹ Nhật Bản trong suốt cuộc chiến, thực hiện kiểm tra nền trên ứng viên cho trại ở ngoài trại, và vào trại (thường không có sự cho phép của các quan chức chức trách của chiến tranh) và các loại lông để theo dõi những kẻ bất đồng và gây rối. Sau cuộc chiến, FBI được chỉ định bảo vệ trả lại người Mỹ Nhật Bản khỏi các cuộc tấn công bởi các cộng đồng trắng thù địch.
Khi nào thì Cục bắt đầu biên soạn một danh sách giam giữ?
1939