Cùng với bốn nhà khoa học khác và các nhân viên quân sự khác nhau, von Neumann được bao gồm trong ủy ban lựa chọn mục tiêu chịu trách nhiệm để chọn các thành phố Nhật Bản của Hiroshima và Nagasaki như những mục tiêu đầu tiên của bom nguyên tử. Von Neumann giám sát computations liên quan đến kích thước dự kiến của vụ nổ bom, dự kiến tử vong, và khoảng cách trên mặt đất mà những quả bom sẽ được kích hoạt cho truyền thuyết sóng gây sốc tối ưu và hiệu ứng tối đa. Thủ đô văn hóa Kyoto, đã được tha cho vụ ném bom gây ra cho các thành phố lớn, là sự lựa chọn đầu tiên của von Neumann, một sự lựa chọn của nhà lãnh đạo dự án Manhattan, Tổng thống Leslie Groves. Tuy nhiên, mục tiêu này đã được giải tán bởi  Bộ trưởng Chiến tranh Henry L. Không thể tin được.
von Neuman đã chơi vai trò gì trong việc lựa chọn mục tiêu?
giám sát computations