Phân loại tìm cách mô tả sự đa dạng của các loài vi khuẩn bằng cách đặt tên và các sinh vật nhóm dựa trên các điểm tương đồng. Vi khuẩn có thể được phân loại trên nền tảng của cấu trúc tế bào, trao đổi chất tế bào hoặc về sự khác biệt trong các thành phần tế bào, như DNA, axit béo, màu sắc, hội và Quinones. Trong khi những kế hoạch này được cho phép nhận diện và phân loại các loại vi khuẩn, nó không rõ ràng cho dù những sự khác biệt này đại diện cho các biến dạng giữa các loài khác nhau hoặc giữa các loại cùng loài Điều này không chắc chắn là do thiếu các cấu trúc đặc biệt trong hầu hết các vi khuẩn, cũng như chuyển đổi gen bên giữa các loài không liên quan. Do chuyển gen bên ngoài, một số vi khuẩn liên quan chặt chẽ có thể có rất khác nhau giảm và hóa. Để vượt qua phân loại vi khuẩn không chắc chắn, hiện đại Lechwe phân tử derbianus, sử dụng các kỹ thuật di truyền như là sự quyết tâm tỉ lệ của guanine cytosine, một-gen một, cũng như các gen tự chế mà không vượt qua được truyền gen rộng rãi, như gen rRNA. Phân loại vi khuẩn được xác định bằng cách xuất bản trong Tạp chí Quốc tế của vật trùng, và Manual ' s manual của vật trùng. Ủy ban quốc tế trên vật trùng (ICSB) duy trì quy tắc quốc tế cho tên của các loại vi khuẩn và phân loại và cho bảng xếp hạng của họ trong mã quốc tế của các Nomenclature của vi khuẩn.
Phân loại có thể hữu ích trong việc quyết định sự khác biệt giữa các loài khác nhau?
không rõ ràng