Gömul sögn greinir frá kraftaverki í Fljótsdal á 15. öld. Valþjófsstaðarklerkur átti leið út dalinn að þjónusta dauðvona sóknarbarn. Á leiðinni týndi hann kaleik sínum, patínu, víni og brauði. Var maður sendur að leita og fannst hvoru tveggja á þúfu neðan við bæinn að Skriðu. Kaleikurinn var fullur af víni, patínan yfir og á henni brauðið. Litið var á þetta sem kraftaverk og sagan hermir að reist hafi verið kapella til minningar um atburðinn með altarið þar sem þúfan var. Skömmu síðar var þar stofnað klaustur sem stóð til siðaskipta.
Stofnun klausturs og vígsla kirkjugarðs
Allt bendir til þess að Skriðuklaustur hafi verið stofnað 1493 þegar Stefán Jónsson, biskup í Skálholti 1491-1514, vísiteraði Austurland. Til er erfðaskrá frá 1494 þar sem klaustrinu eru ánafnaðar þrjár jarðir.
Fyrsti príor kemur að klaustrinu 1496, Narfi Jónsson. Sama ár vígir Stefán Skálholtsbiskup kirkjugarð fyrir heimamenn og pílagríma þá sem sýkjast kunna og deyja á staðnum auk þeirra er þangað kjósa sér leg.
Fyrsta gjöfin
Fyrsta gjöfin sem barst Skriðuklaustri var jörðin Skriða sem Hallsteinn Þorsteinsson og Cecilía Þorsteinsdóttir á Víðivöllum gáfu til klausturhalds. Í gjafabréfinu er sagt að þau hafi: "gefið jörðina alla Skriðu í Fljótsdal, fyrst að upphafi, guði almáttugum, jómfrú Maríu og helga blóði til ævinlegs klausturs." Jafnframt er þess getið að með fylgi hálfur reki, 700 faðmar, til móts við Kirkjubæ á Helmingasandi við Héraðsflóa, skógarpartur í landi Víðivalla ytri og selför í Seljadal. Næsta áratuginn eignaðist klaustrið nokkra tugi jarða og fékk fleiri góðar gjafir. Stærst er líklega gjöf Halldórs ríka Brynjólfssonar í Tungufelli 1497 en hún nam hundrað hundruðum, þar af voru sjö tugir hundraða í peningum og einn tugur í bókum og messuklæðum.
María mey og hið heilaga blóð
Klaustrið var helgað Maríu mey og hinu heilaga blóði.
Klausturkirkja var vígð 1512 en trúlegt er að þar hafi verið kirkja áður þó að ekki séu staðfestar heimildir fyrir því. Klausturkirkjan var að öllum líkindum með mörgum ölturum, skreytt líkneskjum og öðrum fögrum kirkjugripum. Eftir að klaustrið lagðist af hrakaði kirkjunni en um 1670 var hún endurbyggð. Skriðukirkja var síðan lögð endanlega niður árið 1792, þremur öldum eftir stofnun klaustursins. Þá var einnig hætt að nota kirkjugarðinn og var hann ásamt rústum síðustu kirkjunnar friðlýstur sem þjóðminjar árið 1988.
Á síðmiðöldum jókst átrúnaður á líkama Krists og sakramentin. Ein ástæðan voru krossferðirnar en í kjölfar þeirra tóku að berast til Evrópu í miklu magni helgir gripir eins og líkamshlutar Krists og postulanna og flísar úr krossinum á Golgata. Maríudýrkun jókst einnig á þessum tíma riddara og krossferða og María varð tákn skírlífis og móðurumhyggju. Þegar kom fram á 14. öld var trú á Maríu guðsmóður orðin útbreidd hér á landi eins og annars staðar í Evrópu og höfðu klausturhreyfingar hana í hávegum. Ort voru Maríukvæði og kirkjur reistar henni til heiðurs. Að helga Skriðuklaustur Maríu mey var því eðlilegt undir lok 15. aldar en ekki er vita um önnur klaustur eða kirkjur hér á landi sem helguð voru altarissakramentinu og raunar eru þess fá dæmi á Norðurlöndum.