Allendorf var sønn av en luthersk prest. Han studerte fra 1711 i Gießen og fra 1713 under August Hermann Francke i Halle. I 1717 fikk han en stilling som huslærer hos Graf Henkel i Odersberg ved Westerwald. Fra 1723 var han lærer hos riksgreven Erdmann II. von Promnitz i Sorau (Niederlausitz). Da en av de luthersk utdannede Promnitzdøtrene i 1724 giftet seg med den reformerte fyrsten August Ludwig von Anhalt-Köthen hble Allendorf med som deres personlige sjelesørger til Köthen. I løpet av de to tiårene han tilbrakte der skrev han flere bøker med kirkesanger, blant dem den pietistiske Cöthnischen Lieder i 1736. Etter at fyrstinnen døde dro han i 1750 som prest til Wernigerode og derfra i 1755 til nabobyen Nöschenrode. Fra slutten av 1759 jobbet han som prest i St. Ulrich i Halle (Saale), hvor han også underviste ved et luthersk gymnas. Allendorf diktet tilsammen 132 salmer. I Norsk Salmebok og Norsk salmebok 2013 er han representert med salmen «Jesus, din søte forening å smake»