San Isidro är en ort i Mexiko. Den ligger i kommunen Tapilula och delstaten Chiapas, i den sydöstra delen av landet, km öster om huvudstaden Mexico City. San Isidro ligger meter över havet och antalet invånare är . Terrängen runt San Isidro är bergig norrut, men söderut är den kuperad. Den högsta punkten i närheten är meter över havet, km öster om San Isidro. Runt San Isidro är det ganska tätbefolkat, med invånare per kvadratkilometer. Närmaste större samhälle är Pueblo Nuevo Jolistahuacan, km sydost om San Isidro. I omgivningarna runt San Isidro växer i huvudsak städsegrön lövskog. Årsmedeltemperaturen i trakten är °C. Den varmaste månaden är maj, då medeltemperaturen är °C, och den kallaste är januari, med °C. Genomsnittlig årsnederbörd är millimeter. Den regnigaste månaden är september, med i genomsnitt mm nederbörd, och den torraste är mars, med mm nederbörd.